Hellsing Ultimate sigue a la organización Hellsing, encargada de proteger Inglaterra de vampiros y criaturas sobrenaturales, liderada por Integra Hellsing. Su mayor arma es Alucard, un vampiro inmortal y extremadamente poderoso que disfruta la batalla y sirve con total lealtad. La historia se intensifica cuando surge Millennium, liderada por The Major, que busca provocar una guerra con un ejército de vampiros artificiales. Al mismo tiempo, el Vaticano entra en conflicto mediante guerreros como Alexander Anderson. En paralelo, Seras Victoria evoluciona de humana a vampira, luchando por aceptar su nueva naturaleza en medio del caos.
La organización Hellsing es un grupo secreto dedicado a proteger Inglaterra de amenazas sobrenaturales como vampiros y ghouls. Está liderada por Integra Hellsing, quien continúa el legado familiar con firmeza y autoridad.
La Sección XIII del Vaticano, conocida como Iscariote, combate a herejes y criaturas oscuras con métodos extremos. Su principal guerrero es Alexander Anderson, un fanático que ve a los vampiros como enemigos absolutos.
Millennium crea vampiros artificiales mediante tecnología y experimentos, formando un ejército para desatar el caos. Este grupo está liderado por The Major, cuyo objetivo es provocar una guerra total.
Alucard fue un poderoso vampiro derrotado y posteriormente convertido en el arma definitiva de la familia Hellsing, sirviendo con lealtad absoluta.
El Vaticano creó la Sección XIII, Iscariote, para eliminar herejes y monstruos. Entre sus miembros destaca Alexander Anderson, uno de sus guerreros más letales.
Antes de la guerra principal, Millennium comenzó a desarrollar vampiros artificiales en secreto, sentando las bases del conflicto liderado por The Major.